U dưới niêm dạ dày thường được phát hiện tình cờ qua nội soi tầm soát ung thư dạ dày. U dưới niêm mạc dạ dày được phân loại thành tổn thương ác tính hoặc tiềm năng ác tính bao gồm các khối u mô đệm đường tiêu hóa(GIST), u thần kinh nội tiết, u lympho hoặc các tổn thương không phải ung thư như u cơ trơn, u tế bào Schwann, mô tụy lạc chỗ… GIST là khối u phổ biến nhất trong các loại u dưới niêm mạc dạ dày. Chỉ định phẫu thuật khi khối u dưới niêm mạc dạ dày khi kích thước lớn hơn 3cm vì có tiềm năng ác tính cao.
